Au printemps de 1652, les Atikamekw s’apprêtent à monter avec le père Buteux vers leur territoire. Celui-ci projeta d’«y rassembler les tristes débris de leur nation…(ainsi) que plusieurs autres Sauvages…»
«Vers ce même temps, quelques Familles d’Attikamegues invitèrent le P. Buteux à les accompagner dans leur Pays, pour y rassembler les tristes débris de leur Nation. Il y consentit d’autant plus volontiers, que plusieurs autres Sauvages, qui ne connaissaient point encore Jésus-Christ, devaient se trouver au rendez-vous, que leur avoient donné les premiers. Le jour du départ fut fixé au quatrième d’Avril 1652… ».
Au voyage suivant, le père Buteux fut tué et plusieurs des missionnaires, dont le père Bressani, retournèrent en Europe.
Après l’attaque des iroquois dans un portage ; « Ainsi il ne se passait presque point d’année, que quelque Missionnaire n’arrosât la Nouvelle France de son sang.
En 1661, attaqués par des iroquois, une trentaine d’Atikamekw et quelques français furent tués.
« Trente Attikamegues, parmi lesquels il y avait quelques François, furent attaqués par quatre-vingt Iroquois, & se défendirent avec une valeur, qui aurait pu les sauver, s’ils eussent combattu avec plus d’ordre; les Femmes mêmes se battirent jusqu’à la mort, & pas une ne voulut se rendre. Enfin, depuis Montréal jusqu’à Tadoussac, on ne voyait que des traces sanglantes du passage de ces fiers Ennemis…
En 1662, un captif qui a réussi à se sauver des mains de l’ennemi racontait : « que toutes les terres du Nord qui n’avaient jamais vu d’Iroquois en sont tellement infectées, qu’il n’y a plus de caverne assez sombres parmi ces paillis de rochers, pour s’y cacher, ni de forêt assez profonde pour y confier sa vie ».
Presque tous ont été détruits par le Fer des Iroquois, ou par les maladies, suite de la misère, où la crainte des ces Barbares les avoient réduits : c’est bien dommage, ils étaient sans vice, d’une grande douceur, on n’avait eu aucune peine à les gagner à Jésus-Christ, & à les affectionner aux François.
Après ces séries d’attaques, les Atikamekw, qui étaient présents partout dans les récits des missionnaires, s’effacèrent de ces récits. Ils ne réapparurent que vers la fin de la décennie, ce qui nous fait croire que les Atikamekw, fortement décimés par ces guerres, sont demeurés discrets et peu actifs durant cette période trouble.
La maladie
Outre ces attaques, ce fut la maladie qui fit ses ravages. Dès 1640, des Indiens dirent au Père Buteux que « les prières les faisaient mourir, et que d’être baptisé & voir bientôt la fin de sa vie, c’était la même chose».
La colonie et les «sauvages» (Atikamekw) se crurent atteints de maléfice; ce fut les maladies, une couronne de feu dans le ciel, on entendit des voix à Trois-Rivières, un canot de feu à Québec, un homme en feu en un autre endroit, une femme enceinte aurait entendu son bébé se plaindre dans son ventre, le tout fut suivi par le passage d’une comète «qui acheva d’effrayer la multitude…»
…A ce terrible fléau le Ciel en ajouta un autre, qui acheva de réduire la Colonie aux abois. Les François & les Sauvages domiciliés furent attaqués d’une maladie, dont personne ne fut exempt, & qui enleva sur tout un très-grand nombre d’Enfants : c’était une manière de coqueluche, qui se tournait en pleurésie. On s’imagina qu’il y avait du maléfice ; & les Médecins furent les premiers à donner cours à cette opinion. Quand le Peuple est une fois frappé, son imagination le mène bien loin, & tout est Peuple en certaines rencontres
Pour de nombreux historiens, l’épidémie de variole qui frappa les populations indiennes des forêts laurentiennes vers la fin de la décennie 1660, fut le choc déterminant qui provoqua l’effritement de la tribu atikamekw.